Desa Kulwaru merupakan salah satu desa yang terletak di Kecamatan Wates Kabupaten Kulon Progo Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Desa Kulwaru dahulunya merupakan wilayah rawa-rawa yang tidak bisa digunakan sebagai wilayah permukiman.
Pada suatu saat ada seorang pengembara muslim yang menaiki sampan dan berhenti ditengah-tengah rawa, seseorang tersebut bernama Syech Baginda Rubuh. Disitu kemudian Syech Baginda Rubuh membangun suatu tempat ibadah atau masjid berikut sumur yang terbuat dari batu yang kemudian tempat tersebut sampai sekarang disebut Siwatu.
Pada suatu saat setelah menjalankan sholat, syech Baginda Rubuh menancapkan tongkatnya yang terbuat dari kayu waru, tidak lama kemudian tongkat kayu waru tersebut dirambati keong besar (kul), setelah mengamati tongkatnya tersebut kemudian Syech Baginda Rubuh bersabda bahwa suatu saat kawasan ini akan bernama desa Kulwaru.
Tempat petilasan Syech Baginda Rubuh tersebut sampai sekarang yang tersisa tinggal gundukan tanah yang konon tempat sholat imam dan sumur yang terbuat dari batu, sedangkan bedug dan kentongan sekarang disimpan dimasjid Al-Muttaqin Kulwaru Wetan, masjid tersebut pada saat perang Diponegoro juga pernah dipakai singgah Pangeran Diponegoro untuk sholat dan beristirahat. Demikian sekilas tentang sejarah terjadinya Desa Kulwaru.
Sesuai dengan dinamika pemerintahan, Desa Kulwaru pernah berkali-kali mengalami perubahan sebutan menyesuaikan dengan peraturan yang berlaku yakni sebutan desa ataupun kelurahan sehingga pucuk pimpinan pun juga mengalami beberapa kali perubahan penyebutan dari Lurah menjadi Kepala Desa atau sebaliknya.